Microundele au unele dezavantaje. De exemplu, este posibil să nu fie la fel de eficiente ca alte metode de gătit în uciderea bacteriilor și a altor agenți patogeni care pot duce la intoxicații alimentare. Asta pentru că căldura tinde să fie mai mică și timpul de gătit mult mai scurt. Uneori, mâncarea se încălzește inegal.