Se crede că intoleranțele alimentare pot fi cauzate de o calitate slabă a bacteriilor din intestin. Acest lucru poate duce la dificultăți la digerarea alimentelor declanșatoare și la simptome neplăcute, cum ar fi balonare, gaze, diaree, dureri abdominale și greață. Există unele dovezi că alergiile alimentare pot fi, de asemenea, legate de sănătatea intestinului.